مراکز تخصصی حفظ قرآن مؤسسه بیت‌الاحزان حضرت زهرا(س) باتوجه به شبانه‌روزی بودن، با مشکلات متعدد مالی مواجه هستند که این مشکلات نه تنها سبب توقف گسترش آنها شده بلکه برخی از مراکز فعال هم برای تأمین هزینه‌ها با مشکل روبرو هستند.